La causa de este problema es que el programa no está configurado para seguir puntos de unión NTFS.
Asegúrese de que la casilla «Analizar puntos de reanálisis» en la pestaña «Máscaras y filtros» → «Filtros generales» en Modo avanzado esté activada y de que Syncovery esté configurado para seguir enlaces a carpetas y archivos.